Разработка силами ОАО "Омолонская золоторудная компания" месторождения золота и серебра не соответствовала требованиям федерального закона "О недрах". К такому выводу пришла Счетная палата РФ в ходе аудиторской проверки правильности исчисления, полноты и своевременности уплаты налоговых и других обязательных платежей в федеральный бюджет в налоговых органах в открытых акционерных обществах "Бурятзолото" (Республика Бурятия), "Омолонская золоторудная компания" (Магаданская область) и их структурных подразделениях за 2004 год и I полугодие 2005 года.

Проверка силами инспекции аудитора СП РФ Владимира Панскова проводилась с 4 по 26 июля 2005 года.

В данном конкретном случае нарушение закона, говорится в отчете о проверке, было вызвано тем, что "лицензирующими органами не был осуществлен контроль за переоформлением выданной лицензии на добычу золота ОАО "Омолонская золоторудная компания" после изменения ее организационно-правового статуса, в результате чего крупнейшее месторождение золота и серебра с разведанными запасами 83,4 тонн золота и 90,7 тонн серебра было отработано по лицензии, не соответствующей требованиям, предъявляемым законом РФ "О недрах".

Кроме того, ходе проверки были выявлены и другие нарушения. В частности, в нарушение постановления Правительства РФ нормативы утверждаются и доводятся Минприроды до налоговых органов в начале года, следующего за отчетным. В итоге течение года налогоплательщики необоснованно освобождаются от уплаты НДС.

При проверке обоснованности возмещения налога на добавленную стоимость были также вскрыты нарушения. Так, например, налоговые органы Магаданской области необоснованно по декларациям ЗАО "Омсукчанская горно-геологическая компания" за 2004 год при отсутствии контрактов комиссионера с инопокупателем позволили возместить налог на добавленную стоимость в размере 75,0 млн рублей.

Итоги проверки были обсуждены на Коллегии Счетной палаты РФ 9 сентября 2005 года. Материалы проверки опубликованы в Бюллетене СП РФ №1 за 2006 год